海门区中医院儿科为临床一级科室。拥有医师8名，其中高级职称医师4人，中级职称医师3人；中医硕士研究生2人，南京中医药大学西学中研修班研修生3人。护理人员14人，护师以上职称6人。科室设门急诊部和住院部。门急诊部开设儿童普通门诊、急诊、儿童中医及儿童推拿门诊；住院部核定床位30张。科室装备有新生儿暖箱、新生儿辐射式抢救台、黄疸治疗仪、多功能心电监护仪、经皮治疗仪等医疗设备。年门急诊量约四万人次，年收治住院病人约一千人次。科室秉承“中医一流，西医优秀”的发展理念，擅长中西医结合治疗儿童常见病多发病。在新生儿危重症急救、儿童重症肺炎、哮喘持续状态、心肌炎、癫痫持续状态等危重症急救方面取得了较高的成功率。近年来，科室拓展开设了儿童推拿门诊，中西医结合儿童哮喘专病门诊，中西医结合儿童多动及抽动症专病门诊，中医诊疗优势明显。科室科研科题《肺炎合剂佐治儿童肺热型咳嗽》获南通市医疗系统科研成果二等奖。研制的中药制剂肺炎糖浆、清咽利候止咳散疗效确切，广受好评。科室学习气氛浓重，学术氛围良好。定期派出医师赴南京、苏州等儿童医院进修学习，科室每年有多篇论文在核心专业杂志发表。